這是一個系統而復雜的問題，首先我們先弄明白以下幾點：
1、COD在污水處理中，并不難降下來，難處理的恰恰是氨氮，它叫化學耗氧量，不是BOD，BOD叫生物耗氧量。換句話說，用菌能處理的只是BOD，并不是COD。BOD是可生化處理的部分，組成BOD的部分主要是有機質，菌劑只能處理BOD。
  一般情況下，COD是大于BOD的，COD中不可生化的部分，菌劑一般是處理不了的。BOD/COD的比值一般是這種污水的可生化性指標之一，所以，如果是說到菌劑來處理，我們就只說BOD了。一般情況下，像生活污水、河道、養殖場糞污等，其COD基本上就是BOD。

2、到底用什么菌降低BOD比較好呢？可以這么說，只要是好氧性的細菌，都能降BOD。差異無非是耗氧分解它們，但在污水處理中，我們更需要經過微生物菌劑處理后，能形成菌膠團（一種絮狀物團塊）。
  在水產養殖中也有用生物絮團養殖模式的，這其中的生物絮團其實也就是菌膠團。為什么要形成菌膠團呢，因為我們的目的是為了凈水，而不僅僅是為了分解有機質。凈水的目的就是要把COD中的碳氮元素從污水中拿掉，即富集起來，通過沉淀后去除，徹底的拿掉它，成為干凈透明的水。
  這需要我們的菌不僅要分解有機質，還要吸收它們，成為菌體細胞，形成菌膠團。只有形成有一定沉淀性的菌膠團（剛性或粗大的菌膠團），才能通過各種沉淀措施（絮凝劑，斜板沉淀池）把它們沉淀下來，再分離出這些沉淀物，從而實現凈水的目的。
  從以上原理上說，我們選擇菌劑就有方向了，分解有機質比較好的是芽孢桿菌，因為芽孢桿菌能分泌非常多的有機質分解胞外酶，并吸收它們，枯草芽孢桿菌就比較好了。如果是處理糞污糞便類的生活污水或養殖場污水，則以糞腸球菌屎腸球菌為好（并配合芽孢桿菌類），結合解磷解鉀菌類，來釋放磷并被吸收成菌膠團中的成分。
  有一些有特殊臭味的如有臭雞蛋氣味硫化氫的，還需要用到硫化物氧化細菌等。還有為了協同微生物的作用，還要用到酵母菌（產生B族維生素和細菌生長因子，為其他菌類提供特殊營養）。為了減少碳源的投入，有光照的污水處理場，還可以用光合細菌，可以節省人工碳源（因為光合細菌能利用二氧化碳作為碳源）。所以，我們所用的菌必須是一種復合菌。
  說到復合菌，其實比較好的污水處理廠的菌劑。污水處理廠本身經過長期培育出來的叫“活性污泥”，新建議的污水處理場，一般要培育2個月以上。活性污泥中復雜的微生物與廢水中的有機營養物形成了復雜的食物鏈，擔當凈化任務的是異氧菌和腐生性真菌。
  細菌特別是球狀細菌起者最關鍵的作用，優良運轉的活性污泥，是以絲狀菌為骨架由球狀菌組成的菌膠團。沉降性好，隨著活性污泥的正常運行，細菌大量繁殖，開始生長原生動物，是細菌一次捕食者。
  活性污泥常見的原生動物有鞭毛蟲、肉毛蟲、纖毛蟲和吸管蟲。活性污泥成熟時固著型的纖毛蟲、種蟲占優勢；后生動物是細菌的二次捕食者，如輪蟲、線蟲等只能在溶解氧充足時才出現，所以當出現后生動物時說明處理水質好轉標志。所以，實際上活性污泥是一種復合型的生物相體。
  在實踐中，我們是以培育適合于本場的活性污泥為主。這種活性污泥，在運轉一段時間后，趨于穩定，有時為了更好的處理效果，才添加人工菌劑。如強微的“城市垃圾污泥河段處理菌劑”，城市垃圾污泥河段處理菌劑也是一種復合菌劑，其中有好氧菌也有厭氧菌。
  好氧菌中包括糞腸球菌、屎腸球菌、反硝化細菌、解磷解鉀菌、硫化物氧化細菌、酵母菌、乳酸片球菌、枯草芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌。其他芽孢桿菌，模擬自然生態按合理的比例菌數復合而成，我們有處理豬場糞污的經驗，一般每個月在活性污泥培育池或直接在曝氣池中添加10克/立方米，一個月添加一次即可，可以顯著增強污水的處理效果。
  所以說，這個問題本身并不是一個單個的菌能處理得了的，即使是在水產養殖池塘中。其實水產養殖水體也是一個污水處理廠，只是其中的COD、氨氮、總磷含量都極小的污水處理廠，并加上了藻類的生態系統，能在極短的時間內形成動態的生態平衡。
3、第三點，要高效處理COD，曝氣是重要的一環，既然叫化學耗氧量。生物耗氧量（一般是指五日耗氧量），那么往系統中不斷充入氧氣是必須的，也是重要的一環，這是耗氧量的氧氣來源，是必不可少的。
  只有在充足的溶解氧的前提下，微生物分泌的胞外分解酶才能豐富起來。微生物繁殖的速度快，才能快速的把有機污染物變成菌體細胞本身，才能較快的形成菌膠團。充分的曝氣也是培育活性污泥的手段，以曝氣為主，厭氧為輔。
4、要降BOD，還得有一個合理的BOD/TN的比例，這個比值，也可以叫碳氮比，即BOD和污水中總氮的比值。良好的高效處理有機污水的這個比值應該在10以上為好，也就是說，光有BOD，沒有氮源（實際上不可能沒有氮的，糞污中的氮很多），也是降不了BOD的。這是因為微生物菌劑的生長繁殖，需要C、N、P等主要營養元素，以及其他微量元素等；只有C元素（一般代表BOD）而缺少其他元素，也形成不了菌膠團。
  對于采用A/O工藝，即厭氧池/曝氣池交替使用，既脫COD又脫總氮的工藝的。也即反硝化池/硝化池,交替使用，或采用大比例的回流（如回流比600%以上的，也相當于交替）的，則BOD/TN的比值最少也要4以上。因為反硝化池會脫氮，間接地也相當于提高了碳氮比。
  所以，具體情況要具體分析，并不是說用某一個菌就能處理一切的問題，不是這樣的，不同的污染物來源不同，污水處理廠中所培育出來的活性污泥中的生物相也差別巨大，所用的人工菌劑也會有所不同。所以，這是一個比較系統而復雜的問題。